Trong khi tài liệu về những hoạt động đầu tiên của người Pháp trên toàn Đông Dương còn đang ở trong tình trạng “thảm hại” vì bị bỏ rơi, không một cơ quan lưu trữ nào quản lý và không có cả kho chứa, bị “chất đống trong các phòng làm việc, dưới mái hiên, ở tầng áp mái, dưới tầng hầm, trên nóc tủ hoặc ở tận cuối hành lang tối tăm… ” nên bị “sự ẩm ướt, ánh nắng mặt trời và côn trùng huỷ hoại rất nhanh”^[1] thì ngay từ năm 1879 ở Huế đã có một bộ phận chuyên môn lưu giữ tài liệu của Tòa Khâm sứ Pháp ở Trung Kỳ do Santoni (vốn xuất thân từ một viên cai trong đội lính khố xanh)[2] phụ trách. 

 Ảnh 1: Tòa nhà đầu tiên của Phủ Khâm sứ Pháp ở Trung Kỳ. Ảnh sưu tầm.

Nội dung và loại hình tài liệu của Lưu trữ Trung Kỳ thời kỳ này được đề cập tới trong thư số 88 ngày 21 tháng 5 năm 1908 của viên Khâm sứ Trung Kỳ gửi Toàn quyền Đông Dương:

“Những tài liệu được bảo quản tại Lưu trữ Trung Kỳ bắt nguồn từ khi có đại biện của Pháp ở An-nam (1875)[3] nhưng đáng tiếc là phần lớn các hồ sơ đều không đầy đủ, chính là vì tài liệu bị hủy hoại do điều kiện bảo quản trong thời kỳ đầu của chúng ta ở xứ này còn quá tồi tàn”[4].

Cũng theo thư số 88 ngày 21 tháng 5 năm 1908 của Khâm sứ Trung Kỳ, những tài liệu này đa phần là công văn trao đổi dưới dạng sổ, được đánh số, sắp xếp theo năm và đã có các tập danh mục nêu rõ trích yếu, ghi chú ngày đi, đến của từng công văn. Những công văn này có giá trị đặc biệt bởi vì “cho phép ta nắm được tiến trình của các sự kiện đã xảy ra trước đó và thấy được sự thiết lập nền bảo hộ của Pháp ở Trung Kỳ và chính vì vậy, nó chứa đựng những thông tin bổ ích về lịch sử cũng như về chính trị”[5].

Ngoài việc áp dụng phương pháp phân loại của châu Âu để sắp xếp tài liệu của Toà Khâm sứ Pháp ở Trung Kỳ, Santoni còn lập một xưởng đóng sách và dự định thiết lập một tổ chức lưu trữ chung cho các tỉnh thuộc Trung Kỳ. Nhưng sự ra đi của ông đã khiến dự định này không thể trở thành hiện thực. Một thời gian sau khi Antony về Pháp, tài liệu lưu trữ ở Trung Kỳ rơi vào tình trạng chung của tài liệu trong toàn xứ Đông Dương, như Giám đốc Viện Viễn đông Bác cổ Pháp ở Hà Nội phản ánh trong công văn số 350 ngày 06 tháng 5 năm 1913 gửi Toàn quyền Đông Dương: “Rất tiếc phải thừa nhận rằng không có một tổ chức lưu trữ nào ở Đông Dương... Tài liệu đang bị thất lạc dần dần, đó là những tài liệu không còn quan trọng đối với các cơ quan đang hoạt động và chịu trách nhiệm bảo quản chúng nhưng những tài liệu này lại có giá trị vô cùng dưới con mắt của các nhà sử học trong tương lai”[6].

Tuy nhiên, những cố gắng đó của Santoni, một viên chức không được đào tạo về lưu trữ cũng vẫn được Paul Boudet[7] đánh giá cao. Mặc dù vậy, Paul Boudet cũng cho rằng, việc áp dụng phương pháp phân loại của châu Âu để sắp xếp tài liệu của xứ thuộc địa này là không hoàn toàn phù hợp. Đó cũng chính là lý do vì sao tài liệu lưu trữ của Trung Kỳ không thoát khỏi tình trạng chung của tài liệu toàn Đông Dương và còn kéo dài mãi cho đến khi Sở Lưu trữ và Thư viện Đông Dương (Direction des Archives et des Bibliothèques de l’Indochine) ra đời vào năm 1917.

Dưới sự quản lý tập trung thống nhất của Sở, với sự chỉ đạo về mặt nghiệp vụ của một nhóm Quản thủ viên chính ngạch (Conservateur) đứng đầu là Paul Boudet, Lưu trữ viên Cổ tự, tốt nghiệp Trường Cổ tự học (Ecole Nationale des Chartes) tại Paris làm Giám đốc, bộ phận Lưu trữ Trung Kỳ đã được tổ chức lại và đạt được nhiều kết quả đáng khích lệ. Cơ quan này được đặt ngay trong khuôn viên của Tòa Khâm sứ Trung Kỳ ở bờ nam sông Hương[8], gồm một tòa nhà hai tầng có diện tích mặt bằng khoảng 20m x 7m. Tầng trên là nơi lưu giữ tài liệu của các tỉnh miền Trung thuộc quyền cai quản của viên Khâm sứ, có đặt 15 tủ đựng tài liệu với kích cỡ 3m90 x 3m50 x 0m60; tầng dưới đặt 28 giá hai mặt di động để xếp sách và một phòng đọc có sức chứa khoảng 20 độc giả[9].

 Ảnh 2: Phủ Khâm sứ Pháp ở Trung Kỳ. Ảnh sưu tầm. 

Theo báo cáo hàng năm của Sở Lưu trữ và Thư viện Đông Dương, công tác thu thập, chỉnh lý, làm công cụ tra cứu và phục vụ khai thác của Lưu trữ Trung Kỳ được thực hiện rất tốt. Chính vì vậy, cơ quan này đã để lại một khối lượng lớn tài liệu có giá trị nghiên cứu về nhiều lĩnh vực, những tài liệu này đã được chỉnh lý hoàn chỉnh theo khung phân loại thống nhất dùng cho toàn xứ Đông Dương lúc đó (thường gọi là khung phân loại Paul Boudet). Đáng tiếc là số tài liệu này đã bị phân tán, thất lạc, mất mát khá nhiều trong chiến tranh[10].

Theo thỏa ước ký kết giữa Pignon và Bảo Đại ngày 15 tháng 6 năm 1950, Pháp đã mang một lượng lớn tài liệu về nước[11], những tài liệu này được tập kết tại kho của Sở Lưu trữ Nam Kỳ tại Sài Gòn. Một phần tài liệu thuộc phông Tòa Khâm sứ Trung Kỳ đã bị Pháp mang về nước trong thời gian đó[12], còn một phần khác, do không đủ thời gian nên Pháp đã để lại Sài Gòn. Số tài liệu này hiện nay đang được bảo quản tại Trung tâm Lưu trữ quốc gia IV tại Đà Lạt.