Năm Minh Mệnh thứ 11 (1830), nhà Nguyễn dựng toà sở làm việc tại phía tây Quốc sử quán trong kinh thành Huế. Đây là cơ quan chuyên trách soạn thảo các chiếu, sách, chế, cáo, thư từ ngoại giao, sắc phong, thần phong. Về tổ chức, trước triều Nguyễn, Hàn Lâm viện chỉ là chức danh và không có cơ quan chuyên trách. Làm việc tại đây hầu hết là người có học thức cao được chọn từ các Bộ, Nha để kiêm nhiệm. Đến thời vua Gia Long mới đặt các chức danh Hàn lâm viện Thừa chỉ, Hàn lâm viện Thị giảng, Hàn lâm viện Thị độc,… 

Thời Vua Gia Long, những công việc từ hàn[1] thường giao cho cơ quan Văn phòng của nhà Vua là Thị thư viện đảm nhiệm. Sau khi Vua Minh Mệnh cầm quyền lập pháp, ban hành rất nhiều loại văn bản pháp luật nên tháng 8 năm Minh Mệnh thứ 11 (1830), nhà Vua cho dựng công sảnh Hàn lâm viện ở bên hữu Quốc sử quán [2].

Nhiệm vụ của Hàn lâm viện là soạn thảo chế cáo, từ hàn để tuyên dương, lo chương sớ, chiếu cáo, dựng bia, thư từ bang giao và các biểu. Ngoài ra, các quan trong Hàn lâm viện vừa trực tiếp biên soạn các bộ sách sử lớn của dân tộc ( như Lịch triều hiến chương loại chí (49 quyển) của Biên tu Phan Huy Chú, được vua Minh Mệnh “thưởng cho một cặp áo sa, 30 lạng bạc” [3]) vừa tham gia biên soạn cùng các quan Quốc sử quán (như Khâm định Việt sử thông giám cương mục, Đại Nam thực lục, Khâm định Đại Nam hội điển sự lệ, Đại Nam nhất thống chí… ). Như vậy, người được chọn vào làm việc tại Hàn lâm viện phải là người học thức cao, văn chương giỏi, xuất thân khoa bảng. Ngoài ra các nhân viên thừa hành như thư thủ hay bút thiếp thức (người viết chữ đẹp), đều phải được tuyển chọn qua một kì sát hạch.

Ngay sau khi lên ngôi, vào năm 1802, Vua Gia Long đã cho đặt Thừa chỉ, Thị thư, Chế cáo ở Hàn lâm viện. Năm Gia Long thứ 3 (1804), đặt Thừa chỉ, Thị giảng, Thị độc, Chế cáo, Thị thư, Tu soạn, Thị thư viện, Cống sĩ viện. Năm Minh Mệnh thứ nhất (1820), đặt Thị giảng Học sĩ, Biên tu, Kiểm thảo, Điển bạ, Đãi chiếu. Năm Minh Mệnh thứ 2 (1821), đặt Chưởng viện Học sĩ, Thị giảng Học sĩ. Năm Minh Mệnh thứ 8 (1827), bỏ các chức Chế cáo, Thị thư, Hàn lâm viện, Cống sĩ viện. Năm Minh Mệnh thứ 11 (1830), mới thành lập Viện Hàn lâm, lại thêm hàm Cung phụng (trật Chánh, Tòng Cửu phẩm). Năm Thiệu Trị thứ 3 (1843) đặt Trước tác (trật Chánh Lục phẩm), Biên tu (trật Chánh Thất phẩm)[4].

Việc bổ nhiệm các chức danh trong Hàn lâm viện cũng được các Vua triều Nguyễn quan tâm. Năm 1822, Vua Minh Mệnh quy định, trong kì thi Hội, người nào đỗ Hoàng giáp sẽ trao chức Hàn lâm viện Tu soạn, đỗ Tiến sĩ trao chức Hàn lâm viện Biên tu. Năm 1829, đỗ Phó bảng được trao chức Hàn lâm viện Kiểm thảo. Triều Vua Thiệu Trị, năm 1843, người nào đỗ Thám hoa được trao chức Hàn lâm viện Trước tác. Triều vua Tự Đức, việc bổ nhiệm các chức danh trong Hàn lâm viện đã được quy định đầy đủ hơn: đỗ Cử nhân được bổ chức Hàn lâm viện Điển bạ, đỗ Phó bảng bổ nhiệm làm Hàn lâm viện Kiểm thảo, đỗ Tiến sĩ được bổ làm Hàn lâm viện Biên tu, đỗ Hoàng giáp được bổ làm Hàn lâm viện Tu soạn, đỗ Thám hoa được bổ Hàn lâm viện Trước tác, đỗ Bảng nhãn bổ Hàn lâm viện Thừa chỉ và đỗ Trạng nguyên được bổ làm Hàn lâm viện Thị độc.

Để khẳng định tính pháp lí của Hàn lâm viện, tháng Tư năm Minh Mệnh thứ 2 (1821), nhà Vua cho đúc Hàn lâm viện ấn bằng đồng và đúc lại vào tháng Mười một năm Minh Mệnh thứ 9 (1828)[5].

Nhà Nguyễn kiện toàn tổ chức và hoạt động của Hàn lâm viện, đặc biệt là về chức trách, phẩm trật. Sự phối hợp và phân công chức trách của mỗi chức danh trong Hàn lâm viện cũng được quy định cụ thể.

Chức quan đứng đầu Hàn lâm viện triều Nguyễn là Chưởng viện Học sĩ, phẩm trật Chánh Tam phẩm, có nhiệm vụ quản lý và điều hành mọi hoạt động của Viện. Trợ giúp đắc lực cho Chưởng viện Học sĩ là Trực học sĩ (phẩm trật Chánh Tam phẩm) và Thị độc Học sĩ (phẩm trật Chánh Tứ phẩm), có trách nhiệm biên soạn các chỉ dụ, chương, sớ, chiếu cáo, bi kí và chầu hầu thiết triều thay cho Chưởng viện Học sĩ. Thị giảng Học sĩ (phẩm trật Tòng Tứ phẩm) có trách nhiệm chăm lo việc biên soạn sách, chương sớ. Các Viện hàm Chưởng viện Học sĩ, Trực học sĩ, Thị độc Học sĩ, Thị giảng Học sĩ đều được xếp vào Đường quan, tức Đại thần của triều đình, vì theo quy định, khi triều hội tại Chính điện, những người có phẩm hàm từ Tứ phẩm trở lên mới được tham dự.

Các chức quan có Viện hàm cao trong Hàn lâm viện, gồm: Thị độc (trật Chánh Ngũ phẩm) được tham dự vào việc giảng dạy, biên soạn sách vở ở Tập hiền viện (giữ việc giảng sách, bàn đạo trị nước, nơi Vua và các quan đại thần có phẩm hàm Tòng Nhị phẩm trở lên tham dự), Tập thiện đường (nơi dạy Hoàng tử), Tôn học đường (nơi dạy học các con em của Hoàng thất), Quốc tử giám; Thừa chỉ là Viện hàm đầu tiên và cao nhất trong năm đầu đời Vua Gia Long. Khi Vua Minh Mệnh hiệu định quan chế, Thừa chỉ (trật tòng Ngũ phẩm) chuyên lo việc biên soạn văn từ và giúp việc trong các Viện (như Đô sát viện, Quốc sử viện), sáu Bộ (Lại, Hộ, Lễ, Binh, Hình và Công). Thị giảng, trật tòng Ngũ phẩm, có nhiệm vụ giúp các Học sĩ biên soạn sách vở, chương sớ. Trước tác, trật Chánh Lục phẩm, xếp sau Thị giảng, lo việc biên tập sách, chương sớ của triều đình.

Các chức sự vụ, giúp việc tu chỉnh, biên duyệt sách vở, kiểm soát giấy tờ trong Hàn lâm viện, gồm có: Tu soạn trật Tòng Lục phẩm; Biên tu trật Chánh Thất phẩm; Kiểm thảo trật Tòng Thất phẩm. Các chức giúp việc sưu tầm, tra cứu tài liệu để biên soạn sách, giáo trình giảng dạy ở các Viện, Đường gồm có: Điển bạ trật Tòng Bát phẩm; Cung phụng trật Chánh Cửu phẩm và Điển tịch, Đãi chiếu, trật Tòng Cửu phẩm. Ngoài ra, còn có nhiều Chánh và Tòng Bát, Cửu phẩm bút thiếp thức giúp việc biên chép.

Các quan giỏi về công việc từ hàn ở Hàn lâm viện là nguồn bổ sung làm thuộc viên ở Nội các và Cơ mật viện. Bởi vậy, năm Minh Mệnh thứ nhất (1820), nhà Vua ban dụ nhắc nhở Bộ Lễ rằng: “Hàn lâm viện là viện thanh quý, sang trọng đời cổ, gần đây phần nhiều không được người giỏi, nay nên cẩn thận chọn người có học giỏi nết tốt sung vào”[6].

Năm Minh Mệnh thứ 20 (1839), chuẩn định lương bổng các quan trong Hàn lâm viện, cứ mỗi năm, quan có phẩm hàm Chánh Tam phẩm được 150 quan tiền, 120 phương gạo và 20 quan tiền xuân phục; giảm dần đến quan có phẩm hàm Tòng Cửu phẩm, mỗi năm được lương tiền 18 quan, gạo 16 phương và tiền xuân phục là 4 quan[7].

Khi Pháp nổ súng xâm lược (1858) và đặt chế độ bảo hộ trên toàn quốc (1884), các chức danh trong Hàn lâm viện không còn là thực chức, mà chỉ là những chức vụ nhàn tản, vinh hàm để gia phong, lương bổng cũng bị cắt bỏ. Để phục vụ cho mục đích cai trị của thực dân Pháp, ở khu vực Bắc kì, năm 1886, Toàn quyền Đại thần Paul Bert lập Hàn lâm viện Bắc kì, trụ sở đặt tại Hà Nội. Viện này do chính Toàn quyền Đại thần Paul Bert làm Hàn lâm viện Trực học sĩ và ẩn sĩ trong Nam là Trương Vĩnh Kí làm Hàn lâm viện Thị giảng Học sĩ[8], hội viên là một số quan lại và những người có bằng Tú tài trở lên. Trên thực tế, tổ chức này hoạt động không hiệu quả, cho nên sau khi Paul Bert mất (ngày 11/11/1886), thì Hàn lâm viện Bắc kì cũng chấm dứt hoạt động.