Trước khi thành lập Viện Cơ mật, những việc quân quốc trọng sự, Vua Minh Mệnh đều giao cho Lục bộ và Nội các bàn bạc để giải quyết. Tuy nhiên, đến năm Minh Mệnh thứ 15 (1834), ngoài hệ thống các cơ quan trung ương mang tính chất quản lí từng lĩnh vực, khi tiến hành bộ máy quản lí hành chính, triều Nguyễn đã cho lập Viện Cơ mật là cơ quan tư vấn tối cao của nhà Vua. “Những việc quân, việc nước to lớn có quan hệ đến cơ mưu trọng yếu phải nên bắt chước Viện Khu mật nhà Tống, quân Cơ xứ của nhà Thanh, châm chước mà làm riêng một sổ. Việc có người chuyên trách thì giường mối chi tiết càng thêm chu đáo. Nay cho đặt Viện Cơ mật gặp khi có việc quân, việc nước to lớn sẽ có dụ chỉ chọn lấy các quan đại thần sung vào Viện Cơ mật theo phiếu thi hành, để rõ ý thận trọng” [1].

Hình ảnh Tòa chính Cơ mật viện. Nguồn: Trung tâm Bảo tồn Cố đô Huế.

Năm Minh Mệnh thứ 17 (1836), chuẩn cho chia những nhân viên thuộc Viện Cơ mật thành hai chương kinh Nam, Bắc. Phàm những việc soạn và viết dụ, chỉ ghi chép án để lưu chiểu, tra bạch sớ tấu, nghị định cho đến sao đệ tờ tư đi và nhận làm, nhận giữ, mọi việc bao gồm những việc quan hệ từ Quảng Bình trở vào Nam, đến các tỉnh Nam kì và các nước ngoài về phương Nam đều do Nam chương kinh đảm nhận. Các việc có quan hệ từ Hà Tĩnh trở ra Bắc đến các tỉnh Bắc kì, cùng các nước ngoài về phương Bắc, đều do Bắc chương kinh đảm nhận[2]. Năm Minh Mệnh thứ 18 (1837), dụ: Chương kinh Nam đổi làm Nam ti, Chương kinh Bắc đổi làm Bắc ti[3].

Về tổ chức, Viện Cơ mật không đứng trên Lục Bộ theo hệ thống hành chính. Chức vụ Cơ mật viện Đại thần nhỏ hơn Thượng thư Lục Bộ. Quan viên ở Cơ mật viện cố vấn trực tiếp nhà Vua do bốn quan Văn võ Đại thần (còn gọi là Tứ trụ đại thần mang danh hiệu Đại học sĩ của các điện Đông các, Văn minh, Võ hiển, Cần chánh) thuộc trật Chánh Tam phẩm trở lên điều hành. Tuy nhiên các vị Đại thần này chỉ là chức vụ kiêm nhiệm, khi cần mới triệu về để dự bàn những việc cơ mưu trọng yếu hoặc quân sự.

Viện có 4 quan đại thần, lấy quan văn, võ từ Tam phẩm trở lên kiêm nhiệm, dự bàn những việc cơ mưu trọng yếu, giúp đỡ việc quân sự; thuộc hạ có 2 ti Nam Bắc lấy những người có hàm Hàn lâm viện ở Lục Bộ sung làm Hành tẩu. Mỗi ty có 1 Viên ngoại lang (chánh ngũ phẩm), 1 Chủ sự (chánh lục phẩm), 2 Tư vụ hoặc Biên tu (chánh thất phẩm), Kiểm thảo (tòng thất phẩm). Ti Nam phụ trách việc cơ mật từ Quảng Bình trở vào Nam, đến các tỉnh Nam kì. Ti Bắc phụ trách việc cơ mật các tỉnh từ Hà Tĩnh trở ra Bắc đến các tỉnh Bắc kì[4].

Năm Minh Mệnh thứ 16 (1835), những viên Đại thần và Hành tẩu ở Viện, được cấp cho mỗi người một cái thẻ bài. Thẻ bài của quan Đại thần bằng bạc mạ vàng, y như kiểu bài của quan Thượng thư Lục bộ, nhưng dài hơn 1 phân, mặt bài khắc bốn chữ “Cơ mật Đại thần”; thẻ bài của viên Hành tẩu làm bằng ngà, y như kiểu bài của Viên ngoại lang, mặt bài khắc bốn chữ “Cơ mật hành tẩu”[5].

Hình ảnh Thẻ bài của các quan Cơ mật viện. Nguồn: Những người bạn Cố đô Huế (B.A.V.H), tập 13-1926, Nxb. Thuận Hóa, tr.316, 319.

Ban đầu, nhiệm vụ của Viện Cơ mật là riêng biệt, chuyên trách “việc quân, việc nước trọng yếu”. Nhưng trong thời kì tồn tại, Cơ mật viện còn đảm nhận nhiều lĩnh vực về chính trị, bang giao. Năm Tự Đức thứ 28 (1875), một khoản trong Nghị xin chuẩn: “Từ nay về sau, tất cả các nha thuộc Kinh và ngoài Kinh, có những việc gì cơ mật hoặc quân cơ trọng yếu mới được trình công văn để Cơ mật viện xét giải quyết. Việc bình thường chỉ báo cho cơ quan chuyên trách giải quyết (về văn trình cho Bộ Lại, đinh điền trình cho Bộ Hộ, võ trình cho Bộ Binh), nhất thiết chớ trình báo cho Viện để giảm bớt rắc rối về giấy tờ. Nếu các tỉnh, các đạo có tệ nạn quan lại hoặc dân tình cần trình, thì phải làm Sớ công khai gửi cho Nha liên quan nhận trình, không được gửi hai nơi, khiến cho có thứ bậc. Nếu đã sức cho mà còn làm trái, chiếu theo luật mà định tội”[6]. Đến triều Vua Thành Thái, Thượng thư Lục bộ tham gia vào Viện Cơ mật, ngoài ra còn có viên Khâm sứ Trung Kỳ người Pháp đứng chủ toạ. Thời Vua Duy Tân tổ chức Cơ Mật viện được đổi thành phủ Phụ chính [7].

Bản trình của Viện Cơ mật gửi Phụ chính thân thần ngày 29 tháng Bảy năm Bảo Đại thứ 5 (1930) về việc quan Khâm sứ đổi ngày tiếp kiến. Nguồn: TTLTQG I, Châu bản triều Nguyễn.

Để nâng cao vai trò và khẳng định pháp lí của Cơ mật viện, ngay sau khi cơ quan này được thành lập, nhà vua đã ban ấn tín riêng để sử dụng: “ấn của Viện, một mặt khắc bốn chữ Cơ mật viện ấn 機密院印 viết lối chữ Triện, ấn đúc bằng bạc, núm hình con lạc đà”[8].

Trên Châu bản triều Nguyễn, hình dấu Cơ mật viện ấn triều Vua Minh Mệnh (1820-1840), kích thước 7 cm x 7 cm; triều Vua Đồng Khánh (1886-1888), kích thước 5 cm x 5 cm; triều Vua Bảo Đại (1926 - 1945), kích thước 6,7 cm x 6,7 cm. Sự khác nhau về kích thước ấn của Viện Cơ mật là minh chứng về sự thay đổi ấn tín của cơ quan này qua các thời Vua nhà Nguyễn.

Tháng Mười hai năm Minh Mệnh thứ 15 (1834), nhà Vua bắt đầu đặt Viện Cơ mật tại Hữu Trực phòng trong nhà Tả vu nằm trong Tử cấm thành, bên trái điện Cần chánh là nơi làm việc thường ngày của Vua (tức nhà Tả vu điện Cần Chính làm viện sở, Nội các dời sang Viện Thượng trà). Sau khi kinh đô thất thủ vào năm 1885, năm Đồng Khánh nguyên niên (1886) tạm đặt ở hiên phía Tây công đường Bộ Binh, năm Thành Thái thứ 3 (1891) dựng trụ sở Viện ở Chánh Mông đường, năm Thành Thái thứ 6 (1894), Viện xây thêm 1 nhà tiền đường (3 gian 2 chái), năm Thành Thái thứ 11 (1899) di dời khỏi Đại Nội, xây dựng trên khu đất ở chùa Giác Hoàng [9] đến năm 1903 thì hoàn thành, còn gọi là Tam Tòa.

Năm Giáp Ngọ, Minh Mệnh thứ 15 (1834), bắt đầu đặt Viện Cơ mật. Nguồn: Quốc sử quán triều Nguyễn, Đại Nam thực lục chính biên, Đệ nhị kỉ, quyển 140, trang 10. 

Sau trận bão kinh hoàng năm Giáp Thìn (1904), nhiều công trình tại Cố đô Huế bị hư hỏng nặng, trong đó có trụ sở của Viện Cơ mật. Vậy nên ngày 25 tháng Tư năm Thành Thái thứ 19 (1907), Bộ Công tâu xin chi 2.650 đồng để mua vật liệu, thuê phu thợ dỡ ngói của nóc nhà 2 tầng lầu trên dưới chính đường Viện Cơ mật. Do gỗ lạt vật liệu bị hư hại dột nát, cần tu bổ thay đổi vật liệu và bên trong lợp ngói, bằng trát vôi 3 lần rồi lại theo như cũ lợp ngói âm dương cùng tháo dỡ tấm trần che bụi và sửa trát lại hiên[10]. Đến ngày 27 tháng Tám năm Duy Tân thứ nhất (1907), Bộ Công tấu xin chi 296 đồng 8 hào 5 xu thuê công thợ, mua vật liệu tu bổ các phòng tả hữu trong Viện Cơ mật bị dột nhiều, nên cần tháo dỡ, sửa chữa rồi lợp lại cùng sơn trát lại tường bên[11].

Hiện nay, trụ sở Viện Cơ mật dưới triều Nguyễn tọa lạc tại địa chỉ số 23 Tống Duy Tân, thuộc phường Thuận Thành, ở góc Đông Nam bên trong Kinh thành Huế. Đây là một công trình kiến trúc độc đáo và là một địa điểm ghi dấu nhiều biến cố lịch sử lớn của Cố đô Huế.